Viene eseguita dalla ventesima alla ventitreesima settimana di gestazione ed è, assieme all'ecografia del primo trimestre, il controllo più importante e complesso di tutta la gravidanza. Questa ecografia viene detta morfologica appunto perché è destinata a studiare la morfologia del feto per escludere, o accertare, la presenza di malformazioni.
La si esegue in questo periodo specifico per due ragioni :

1. Il feto è nelle migliori condizioni per essere studiato, in quanto il rapporto fra le dimensioni del feto e la quantità di liquido amniotico è ottimale
   
2. Dopo tale epoca la Legge non permette l'interruzione della gravidanza anche se il feto fosse affetto da gravi malformazioni.
   

L'ecografia morfologica a fini puramente conoscitivi può essere eseguita anche più tardivamente ed è comunque utile. Qualora infatti si identificassero patologie malformative potrebbe risultare determinante fare nascere il bambino in strutture particolarmente attrezzate allo scopo. E' ben noto infatti che le prime ore di vita e le prime cure sono spesso determinanti per il destino del bambino. Si segnala però che con l'avanzare della gestazione (dopo le 26 settimane) il feto si esplora con sempre maggiore difficoltà.
L'ecografia morfologica prevede la valutazione delle dimensioni del feto (biometria fetale), dell'impianto e della struttura della placenta, della quantità di liquido amniotico, del collo dell'utero, ma fornisce soprattutto uno studio analitico di tutti i distretti anatomici esplorabili nel feto.
L'ecografista osserva il feto con la maggiore attenzione possibile, visualizzando anche gli organi interni. Di norma vengono studiate le seguenti strutture :

• cervello con misurazione dei ventricoli laterali, del cervelletto e della cisterna magna
  

• faccia con osservazione del profilo, delle labbra e delle lenti del cristallino oculare

• colonna vertebrale in sezione longitudinale e trasversale

• torace con osservazione del parenchima polmonare e della posizione del cuore

• cuore con studio delle 4 camere cardiache, dell'arco aortico, dell'emergenza dei grossi vasi (assi lunghi), della sezione 3 vasi, della frequenza e ritmicità del battito cardiaco fetale. Viene inoltre esaminato il flusso del sangue con il color doppler che consente di individuare con più facilità eventuali difetti interventricolari o di riempimento. Nel caso in cui si riscontrano anomalie o vi sono dei dubbi è opportuno ricorrere all' ecocardiografia fetale, che è lo studio ancora più approfondito del cuore fetale eseguito da un ecografista dotato di particolare esperienza nella cardiologia fetale.

• diaframma, per accertarne l'integrità, anche se i piccoli difetti a volte possono essere manifesti solo in epoche tardive

• addome con controllo della chiusura della parete e studio degli organi interni quali lo stomaco, la colecisti, il fegato e l'intestino" apparato genito-urinario, con visualizzazione dei reni, della vescica e dei genitali esterni

• cordone ombelicale con visualizzazione dei tre vasi che lo compongono

• arti superiori ed inferiori con visualizzazione delle ossa lunghe, dell'asse delle mani e dei piedi, della dita delle mani

• indicatori di rischio (markers) di cromosomopatie, che sono dei segni ecografici a carico di vari organi che possono indicare un aumento del rischio di cromosomopatie fetali. Il significato di tali markers è stato valutato in diversi studi ed è possibile fare una valutazione statistica del rischio ad essi associato.

• nel corso dell'esame è nostra abitudine effettuare anche lo studio della morfologia dell'onda sanguigna nell'arteria uterina materna, indicatore precoce di disfunzione placentare con susseguente difetto di crescita intrauterina del feto

• valutazione della cervice uterina

Come facilmente si può comprendere tale esame dipende in misura quasi totale dall'esperienza e dalla capacità dell'operatore unitamente all'impiego di un ecografo di qualità elevatissima. Nonostante ciò non tutti i quadri patologici sono diagnosticabili in utero, e ciò dipende anche dall'ecogenicità della paziente (più aumenta lo spessore del pannicolo adiposo meno chiare saranno le immagini), dalla quantità di liquido amniotico e dalla posizione fetale.
Si può comunque affermare che se l'esame viene eseguito a regola d'arte la maggior parte dei problemi malformativi può essere identificata.
Nel nostro Centro vengono utilizzati ecografi della General Electric, di ultimissima generazione e dotati di 3 e 4 D, che sono considerati i migliori in assoluto per l'impiego nel settore ostetrico-ginecologico.